Рекомендации по таксономической идентификации микроорганизмов для целей депонирования в БРЦ ВКПМ
Для депонируемого штамма должна быть приведена таксономическая идентификация до вида. При установлении видовой принадлежности микроорганизма рекомендуем следующую последовательность действий.
1 Первый этап – анализ последовательности рибосомального маркера:
Секвенирование нуклеотидной последовательности рибосомального маркера:
- для прокариот — гена 16S рРНК;
- для эукариот — региона ITS (реже — участков 28S или 26S рРНК).
Требования к последовательности:
- длина — не менее 400–500 пар оснований;
- гомология с референтной последовательностью типового штамма — не менее 97%.
Примечание: чем длиннее анализируемый фрагмент, тем выше может быть процент требуемой гомологии для отсечения неподходящих
видов.
В отчете необходимо представить последовательность исследуемого маркера в текстовом формате (будем ли просить предоставить FASTA?)
2 Дополнительная верификация (при неоднозначных результатах первого этапа)
Если полученного уровня гомологии недостаточно для однозначного отнесения к виду (например, несколько видов демонстрируют сходный процент сходства), необходимо представить результаты дополнительных уточняющих тестов, позволяющих сделать окончательное заключение.
Такие тесты могут включать:
-фенотипические исследования;
-физиологические характеристики;
-анализ последовательностей дополнительных молекулярных маркеров.
В отчете необходимо представить ссылки на соответствующую литературу.